Ryuuko Matoi es una chica que va a todos lados con una particular media tijera roja buscando al portador de la otra mitad, el asesino de su padre. El instituto Honouji es un centro en el que reina el terror, el cual es impartido por el consejo estudiantil cuyo presidente, Satsuki Kiryuuin, usa poderosos uniformes para acabar con cualquiera que se cruce en su camino. Tras sufrir una aplastante derrota a manos de Satsuki, Ryuuko considera que ha llegado la hora de empezar a usar un uniforme escolar poseído llamado Senketsu, que le otorga habilidades especiales. Es el momento de que Ryuuko acabe con la tiranía de Satsuki y del consejo estudiantil para no sólo liberar al instituto Honouji de su mano de hierro, sino también para descubrir la verdad que se esconde tras la muerte de su padre