Cada año, la Academia de élite Hope’s Peak inscribe sólo a los 14 más talentosos estudiantes… más uno escogido al azar. Makoto Naegi es esa afortunada persona… ¡O eso es lo que él cree! Cuando ingresa a la clase, lo primero que observa es que está compuesta por gente bizarra y excéntrica, bajo las implacables reglas del director, un oso Teddy robot llamado Monokuma. Esto es así: la única forma de graduarse de Hope’s Peak es no sólo asesinar a otro estudiante sino además no ser descubierto, ya que cada asesinato es analizado por un tribunal y si descubre al culpable, ¡lo ejecutan!